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El 31 de octubre de 1962, nace la franquicia, siendo la temporada 1962-1963, la que vio nacer a los Tiburones de La Guaira. Con el nacimiento de Tiburones, desapareció la franquicia Licoreros del Pampero que existía desde el 1956 y que el empresario Alejandro Hernández vendió por la simbólica suma de un bolívar a José Antonio Casanova, quien era el mánager del Pampero desde la temporada 1961-1962, convirtiéndose en el primer mánager de La Guaira. Sin embargo, Casanova no disponía de los recursos monetarios suficientes como para financiar la franquicia, así que decidió aliarse con un grupo de personajes y empresarios venezolanos entre los cuales destacan: Pedro Padrón Panza, Manuel Malpica, José Antonio Díaz, Jesús Morales Valarino, Mario Gómez y Pablo Díaz. En un principio el equipo se iba a llamar Santa Marta, en honor al famoso conjunto del litoral central de nombre homónimo, solo que Pedro Padrón Panza, uno de los socios del club, planteó la idea de bautizarlo como Tiburones de La Guaira, porque todos los dueños eran de esa ciudad.
Con los títulos, vendrían las participaciones en la Serie del Caribe, sin contar un historial de 21 clasificaciones en un período de 22 torneos, y lo más emblemático en esta divisa, el surgimiento de figuras que marcaron una época en el club. Entre ellos: Ángel Bravo, Luis Salazar, Oswaldo Guillén, Juan Francisco Monasterios, Gustavo Polidor, Luis Lunar, Enzo Hernández, Luis Mercedes Sánchez, José Herrera, Argenis Salazar, Carlos Café Martínez, Raúl Pérez Tovar, Norman Carrasco, Andrés Espinoza, Alfredo Pedrique y Felipe Lira. (los tres primeros de la lista miembros de Salón de la fama y museo del béisbol venezolano) y el empeño en traer jugadores extranjeros como Luis Tiant, Marcelino López, Pat Corrales, Mike Hedlund, José Cardenal, Paul Casanova, Hal McRae, Ken Forsch, Jim Rooker, Darold Knowles, Lou Piniella, Leroy Stanton, Darryl Strawberry, Al Bumbry, Rich Cerone, Rollie Fingers, Tom House, Larry Gura, Clarence Gaston, Clint Hurdle, Andruw Jones, Chad Curtis, John Wathan y Pat Kelly, entre otros. Esa importante base de jugadores que más tarde fue conocido como «La guerrilla».
La guerrilla llegó a jugar 4 finales en las temporadas 1982-1983 contra Leones final jugada a 6 partidos (ganó 4-2), 1984-1985 contra Tigres final jugada a 4 partidos (ganó 4-0), 1985-1986 contra Leones final jugada a 7 partidos (ganó 4-3) y 1986-1987 contra Leones final jugada a 4 partidos (perdió 0-4), el título de la temporada 1985/86 fue el último campeonato de los Tiburones hasta la temporada 2023/24.
Padrón Panza falleció el 1 de abril de 1999, a los 78 años de edad. El control de la franquicia fue dejado a su hijo, Pedro Padrón Briñez, también conocido como Peruchito. Sin embargo, Padrón Jr. y su hijo murieron en la Tragedia de Vargas. Marcados por las muerte de tres generaciones de sus dirigentes, los Tiburones de La Guaira intentaron repetir sus actuaciones de los años 1970 y 1980, con el mánager y exjugador Luis Salazar en la temporada 2000-2001, quien logró obtener una buena actuación logrando pasar al Round Robin, por primera vez desde la temporada 1991-1992. En abril de 2004, el equipo fue vendido a los empresarios Francisco Arocha y Antonio José Herrera quienes llevaron las riendas del equipo hasta 2023. No obstante, en la temporada 2004-2005, el equipo batió su propio récord de derrotas al hilo con 15, lo que motivó el despido de Jesús Alfaro como dirigente siendo reemplazado por Luis Aparicio y Russell Vásquez, quienes nada pudieron hacer ante la inevitable eliminación.
Desde octubre de 2023, el propietario de los tiburones es el empresario Wilmer Ruperti, fánatico número uno del equipo de toda su vida. Roberto Mirabal Acosta asumió como Presidente de la Junta Directiva y Alberto Barroso como Vicepresidente, Elías Saba Presidente Ejecutivo. A principios de noviembre de 2023 con el fin de coadyudar al fortalecimiento de la estructura organizativa de los tiburones se incorpora Alberto Díaz como Gerente General y Luis Sojo como Gerente Deportivo
Los Tiburones de La Guaira en la temporada 2023-2024 obtuvieron su primer campeonato desde la temporada 1985-86 y el octavo de la historia del equipo, al derrotar a los Cardenales de Lara en la final en barquisimeto en cinco partidos y coronando una espectacular postemporada (12-4 en el Round Robin, 4-1 en la Final) acabando así con una sequía de 38 años sin ganar un título, implantando también un récord en la Liga (hasta el año 2004 la sequía más larga era la de los Tigres de Aragua que no se coronaban desde el año 1976, 28 años sin campeonatos). Su mánager fue el histórico Oswaldo Guillén quien pasó a ser el primer y único estratega en coronarse tanto en Major League Baseball con los Chicago White Sox (2005) como en la LVBP (2023-2024). El más valioso de la serie final fué el pitcher Ricardo Pinto.
Y por si eso fuera poco, el conjunto tiburón con su grito de unión y amor Unidos y Más Fuertes, acabó también con la sequía de 15 años sin que Venezuela ganara un título de la Serie del Caribe, ya que se apoderó del trofeo del clásico caribeño al terminar con registro de 7 victorias con 1 derrota, y tras vencer en la final de la Serie del Caribe 2024 con marcador de 3-0 al representante de la República Dominicana.
Casi 72 años y 62 ediciones pasaron en la historia de la Serie del Caribe, cuando el venezolano Ángel Padrón de los Tiburones de La Guaira completó un juego sin hit ni carreras ante Nicaragua la noche del miércoles 7 de febrero en el loanDeport Park de Miami. Padrón, un zurdo de 26 años al que Guillén le dió la pelota a última hora, llevó un juego perfecto hasta la parte alta del 8vo inning. Lo perdió con un boleto a Raudy Read iniciando el acto, pero enseguida salió del apuro logrando que Melvin Novoa bateara para doble play y dominando a Cheslor Cuthbert con un rodado por tercera. Tras 8 completos, había enfrentado al mínimo de 24. 24.
Con apenas 76 pitcheos en su cuenta, Padrón salió para el noveno después de un largo receso. Sus compañeros decidieron explotar con un racimo de cinco rayitas en la baja del 8vo. Finalmente, arriba 9-0 en la pizarra, se quitó el paño del brazo izquierdo y se dirigió a la loma. En ese momento, ya nada iba a perturbarlo.
